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有機肥的使用出現效果不佳的原因很多，在此分兩大類（不包括病害這一類）。

　　第一類：生產企業的原因。

　　企業生產控制方面的原因里面涉及到質量控制，在這里重點討論養分、pH、氯離子含量、含鹽量、陽離子交換量、腐植酸、小分子脂肪酸、重金屬、有害微生物等因素。這些內容有很多并不出現在有機肥料行業標準里面，但卻不得不注意。

　　1. 養分。由于原材料本身養分低或發酵生產工藝原因，有些企業的有機肥發酵出來，其養分并不合格，加上有些廠連化驗室都沒有，一批產品就這樣邁向了市場。有些企業檢測發現養分不夠，但也舍不得添加化肥補充，也使這些產品邁上了市場。無肥料登記證的企業所生產出來的產品，并不在市場上流通，一般是直接面向用戶，這一塊特別難以監管。

　　2. pH值。原材料本身pH值就各有不同，在發酵過程中，pH值變化也較大，如果發酵過程控制不好，有可能發酵出來會發現pH值在8.5以上，或5.5以下。特別是過酸的產品會導致農作物生長受阻或死亡，而過堿的有機肥料，由于南方土壤普遍偏酸，危害反而不大。

　　3. 氯離子含量。一般沒有人會去檢測氯離子含量，但有些原料卻含有不少的氯離子，特別是在嚴重忌氯的作物上使用時，會出現嚴重問題。也有些廠家使用氯化銨這一類含氯化肥加入到有機肥中，以提高總養分中的氮，這也是導致氯離子含量增高，影響農作物的生長。

　　4. 含鹽量。肥料鹽份高，就好像把一包食鹽灑到有限的地里，作物很受影響。一般來說，生活污泥、廚余垃圾等原料的鹽份較高，不耐鹽的作物會出現黃葉、掉葉、萎蔫、死亡等現象。當堆肥EC值小于9.0ms/cm3時，對種子發芽沒有抑制作用。

5. 陽離子交換量。一般腐熟的有機肥，其陽離子交換量大，保肥肥力，緩沖能力強，對pH、鹽份有很好的緩沖作用，對于維持土壤的良好狀況有著很重要的作用。而沒有腐熟的有機肥甚至是曬干就賣的糞便，其陽離子交換量極低，起不到應有的緩沖效果，相反，還會危害土壤本身的緩沖效果，造成作物生長障礙。

　　6. 腐植酸。新鮮原料幾乎不含有腐植酸，腐植酸是在有機肥發酵生產過程中不斷產生的，以高溫發酵（大于50℃）尤為明顯。腐植酸與銨、鉀、鈉結合，具有刺激作物生長的功能，也具有易吸引的效果，也可提高作物抗逆性，促產，促萌發，腐植酸更可因為其交換能力而增強土壤緩沖能力。

　　7. 小分子脂肪酸。低級脂肪酸對種子發芽和植物生長有不良影響。小分子脂肪酸易招引蒼蠅，這比較容易觀察出來。一般來說，小分子脂肪酸存在于未腐熟的物料中，如新鮮雞糞等。其所帶來的危害是：小分子脂肪酸會抑制種子萌發，會抑制根系生長。

　　8. 重金屬。重金屬會在植物中積累，最終通過食物鏈集中到人身上，對人造成傷害。同時重金屬也會對農作物的生長造成損害。由于設備昂貴，大部分企業是沒有設備對重金屬進行檢測的，農資市場到現在才多見執法部門對重金屬進行檢測。

　　9. 有害微生物。堆肥溫度在50℃以上的時間不少于5天，可以殺死病原菌及蟲卵，達到無害化。但實際上很多廠家有機肥生產過程中，由于工藝水平原因，未能達50℃以上或達到了卻時間維持過短，大部分蛔蟲卵、大腸菌群等未能大部分殺滅，這就影響了作物健康生長。